Sau khi Hoàng Sào bị giết, Tần Tông Quyền vẫn tiếp tục chống lại triều đình, xưng là hoàng đế. Tần Tông Quyền mở rộng lãnh thổ của mình ra xung quanh, thậm chí còn chiếm được đông đô Lạc Dương vào năm 885-886.[16] Do quân Lý Khắc Dụng triệt thoái trước đó, Chu Toàn Trung không còn đủ sức mạnh để đánh bại quân nổi dậy. Ông cũng không thể nhận được sự giúp đỡ từ triều đình do lúc này Đường Hy Tông đang phải chạy trốn khỏi Trường An sau một cuộc tranh chấp với Vương Trọng Vinh.[16]

Vào mùa thu năm 884, Đường Hy Tông ban cho Chu Toàn Trung chức kiểm hiệu tư đồ, đồng bình chương sự, phong tước Phái quận hầu, thực ấp 1.000 hộ.[3] Năm 885, Chu Toàn Trung gả nhi nữ của mình- người mà sau này trở thành Trường Lạc công chúa, cho Triệu Nham (趙巖)- nhi tử của Triệu Thù, Triệu Thù vốn mang ơn Chu Toàn Trung vì từng giải vây cho ông ta khỏi quân Hoàng Sào.[16][19] Với liên minh này, Chu Toàn Trung có được một vùng đệm quan trọng giữa Biện châu và Thái châu- thủ đô của Tần Tông Quyền. Cơ hội để ông nâng cao vị thế đến vào tháng 12 năm 886, khi các binh sĩ Nghĩa Thành quân[chú 11]- trị sở tại Hoạt châu (滑州), tiến hành binh biến chống lại tiết độ sứ An Sư Nho (安師儒) do triều đình bổ nhiệm. An Sư Nho đàn áp cuộc binh biến, song sau đó Chu Toàn Trung đem quân tiến công, chiếm được Hoạt châu và giết chết An Sư Nho, cho thuộc hạ là Hồ Chân giữ chức Nghĩa Thành lưu hậu. Chu Toàn Trung cũng đánh bại được nỗ lực đoạt lấy Nghĩa Thành của Thiên Bình[chú 12] tiết độ sứ Chu Tuyên.[16]

Binh lính Nghĩa Thành được tái tổ chức, một số sĩ quan và binh lính được chuyển sang quân Nghĩa Vũ, và các sĩ quan của quân Nghĩa Vũ được bổ nhiệm sẽ chỉ huy đội quân Nghĩa Thành còn lại. Phần lớn các binh sĩ Nghĩa Thành được để lại Hoạt châu phòng thủ Hoàng Hà, Chu Toàn Trung có được một đội quân dự phòng chiến lược. Vào tháng 1 năm 887, Đường Hy Tông bổ nhiệm Chu Toàn Trung giữ chức kiểm hiệu thái phó, cải phong Ngô Hưng quận vương, thực ấp 3.000 hộ.[3]

Đến tháng 6/7 năm 886, Chu Toàn Trung khiển đô tướng Quách Ngôn (郭言) đem ba vạn bộ-kị binh tiến công thủ đô Thái châu của Tần Tông Quyền. Tuy nhiên, quân Tuyên Vũ chiến bại và đến cuối năm 886 thì Tần Tông Quyền bắt đầu chiến dịch chống Chu Toàn Trung, tiến quân hướng về Biện châu và có ý muốn đánh chiếm thành. Chu Toàn Trung khiển Chu Trân tiến về phía đông và mộ thêm quân bên ngoài lãnh địa. Việc này là vừa nhằm phát triển lực lượng, vừa cải thiện tình hình tiếp tế cho Biện châu.[16] Quách Ngôn được phái tiến về phía tây, vào lãnh địa do quân nổi dậy kiểm soát. Sau khi đánh bại một băng đảng cướp bóc lớn, Quách Ngôn tuyển mộ những người còn sống sốt và cùng các tân binh trở lại Biện châu, toàn bộ cuộc viễn chinh kéo dài trong 6 tháng. Chu Trân tiến về một nơi tương đối thái bình là Bình Lô quân[chú 13], ông ta đánh bại quân Bình Lô và tuyển mộ binh lính trong khu vực, đoạt lấy ngựa, trở về Biện châu vào mùa xuân năm 887 chỉ sau hai tháng xuất phát, đem về cho Chu Toàn Trung, theo Tư trị thông giám, một vạn tân binh và một nghìn con ngựa.[20] Những con số này có thể là phóng đại, song tổng số binh sĩ của Chu Toàn Trung khi đó có thể đạt đến 3 vạn.[21]

Đến tháng 5/6 năm 887, Chu Toàn Trung cảm thấy binh lực nay đủ để tiến công. Ông lệnh quân Nghĩa Thành đến, và xin các quân khác cứu viện, kết quả nhận được trợ giúp của Chu Tuyên và họ hàng của ông ta là Thái Ninh[chú 14] tiết độ sứ Chu Cẩn (朱瑾). Binh sĩ của bốn quân hợp binh và khiến quân của Tần Tông Quyền thảm bại tại Biên Hiếu thôn (邊孝村) ở ngay bên ngoài thành Biện châu, Tần Tông Quyền chạy trốn.[20]

Năm 888, nhận thấy Tần Tông Quyền đang trong tình thế khó khăn, bộ tướng của Tần Tông Quyền là Triệu Đức Nhân (趙德諲) quyết định quay sang quy phục Đường và liên kết với Chu Toàn Trung. Trong khi đó, sau khi đoạt được Lạc Dương và Hà Dương[chú 15], Chu Toàn Trung quyết định tiến hành chiến dịch quyết định chống lại Tần Tông Quyền. Chu Toàn Trung đánh bại Tần Tông Quyền trong một trận chiến diễn ra ngay phía nam Thái châu, Tần Tông Quyền triệt thoái vào Thái châu và thủ thành chống lại cuộc bao vây của Chu Toàn Trung. Đến khi nguồn lương thực cạn kiệt, Chu Toàn Trung triệt thoái. Sau khi Chu Toàn Trung dời đi, quân của Tần Tông Quyền tái chiếm Hứa châu.[20] Khoảng tết năm 889, Tần Tông Quyền bị thuộc hạ phản bội, giải đến Biện châu, sau đó Chu Toàn Trung cho giải Tần Tông Quyền đến Trường An.[22] Đến tháng 3 năm đó, Chu Toàn Trung được kiêm chức Trung thư lệnh, tiến tước Đông Bình quận vương.[22]